玻璃体手术虽可治许多复杂眼病，但它手术难度大，并发症较多，可分为术中及术后并发症两大类。
术中并发症：
1脉络膜脱离常见灌注水管插入脉络膜上腔。
2晶体虹膜表面出现渗出液术中眼压过低。
3角膜上皮水肿一般术后几日内可恢复。
4瞳孔缩小术前瞳孔充分散大。
5虹膜意外切除。
6晶体损伤形成白内障。
7玻璃体视网膜出血。
8视网膜裂孔及视网膜脱离。
术后并发症：
1角膜上皮、基质水肿，变性。
2青光眼术后眼压升高。
3白内障玻璃体腔内的气体或硅油与晶体接触影响了晶体的营养代谢所致。
4玻璃体再出血多见血管性疾病病人，多是由残存的新生血管出血所致。
5复发性视网膜脱离 有增殖性玻璃体视网膜病变
6眼内炎极少见术后眼球剧痛，眼睑及结膜水肿。
7交感性眼炎较少见、多发生在眼球穿通伤的病人。
8眼球萎缩发生率在3％～30％，多见于眼球穿通伤，增殖性玻璃体视网膜病变，术后网膜未复位。
9脉络膜脱离，气体进入脉络膜上腔或视网膜下造成，也可造成视网膜脱离。
10视网膜中央动脉阻塞多见血管性疾病病人，视网膜供血不足。