两票制后，税务处理难度或增加

全省探索耗材两票制
10月19日，据阜阳市医保局消息，安徽省医保局等相关部门印发《安徽省公立医疗机构临床常用药品集中带量采购谈判议价实施方案下称《实施方案。
《实施方案显示，要药品供应。坚持“两票制”，鼓励“一票制”。药品生产企业作为药品质量和供应的责任人，可直接配送，也可委托有配送能力、信誉度好的的经营企业配送。除不可抗力外，如出现企业不按合同供货、不能保证质量和供应等情况，将纳入省、市级医药集中采购不良记录名单。
除了安徽省，近日吉林省医保局也《吉林省治理高值医用耗材实施方案强调，要强化流通管理。积极探索我省公立医疗机构通过“两票制”等方式，减少高值医用耗材流通环节。
同时将高值医用耗材相关企业及其从业人员诚信经营和执业情况纳入信用管理体系，加强对失信行为的记录、公示和预警，强化履约管理。公立医疗机构要建立高值医用耗材配送遴选机制，规范购销合同管理，严格依据合同完成回款。
此外，10月16日，上海阳光采购医药网也消息显示，38家医药流通或生产企业签署“两票制”承诺书，以江苏复星医药销售有限公司的承诺书为例，要求在本市生产经营活动中严格遵守两票制规定。
两票制后，税务处理难度或增加
两票制对药械市场产生多方面影响，除了流通格局的变化，对药械企业销售费用和税收管理也产生了重要影响。
《中国市场期刊曾文章分析，两票制使医药工业企业从低价开票的形式转为佣金折返的开票方法，能够督促医药企业退回部分代理费用，避免出现违规行为，此种状况下，医药工业企业的财务管理者面临着如何规范合理的处理高开差额费用的工作挑战。
《税收管理期刊也《“两票制”背景下医药企业销售费用税收管理分析一文显示，两票制实施前，医药行业销售模式主要采用低价发货代理模式，也称多票制开票模式，即总代理低价从医药生产企业进货，多级代理商多次开票在此模式下，医药代理具有极高的自主权，各级代理商亦逐级加价，导致药品到达终端后价格虚高。
由于流通环节的复杂性以及一些区域代理规模小、数量大，增值税专用发票的管理难度较大，医药行业成为虚开增值税专用发票的重灾区。
两票制实施后，医药行业的税务处理难度或许进一步增加，由于发票开具只能在药品流通的头和尾进行，导致医药行业的虚开由中下游小企业上溯到上游大企业，大量冠以咨询管理服务、医药科技咨询、信息科技等头衔的第三方服务企业出现，即所谓的合同销售组织CSO。
现阶段，第三方服务企业良莠不齐，导致医药生产企业面临监管风险和合规风险。这些第三方服务企业给医药厂家开具大量有关咨询费、广告费、会议费、推广费的发票，其中一部分是实际发生的业务，但有许多却没有实际业务发生。
部分咨询企业规模极小，无相关人才，这类企业为医药企业开票，将资金以销售费用的名义提取出来转入第三方服务企业，第三方服务企业成为医药企业套取资金的灰色地带。